O Santa Joana foi o primeiro hospital do país a receber o certificado ISO 9001, versão 2000, atribuído a um serviço de cardiologia. O Hospital Santa Joana foi recertificado no Sistema de Gestão da Qualidade (ISO 9001:2000) nos dias 27 e 28 de setembro de 2007, pelos auditores da Certificadora DQS. Para o Hospital Santa Joana a conquista do ISO 9001 vem acompanhar o desempenho e o esforço da instituição em manter a qualidade de todos os serviços prestados pela equipe médica e pelos colaboradores. A Comissão de Controle de Infecção Hospitalar - CCIH - do Hospital Santa Joana, atua desde de 1988 na prevenção e controle de casos, mantendo-os abaixo dos padrões aceitos mundialmente.